對于真正的小陰莖患者要盡量了解清楚其發病原因才能對癥治療。睪丸本身有問題的患者，因其根本問題在于雄激素不足，可長期使用雄激素作為替代治療。用藥后多可發現第二性征改善，陰毛、胡須均增多，但生育力不能改善。停藥后可能有反復。睪酮用藥時間越早越好，一旦確診后，就應開始治療。但診斷時必須首先排除其他病變，特別是青春期延緩，后者不需治療。
    必須指出，兒童期過多使用睪酮可使骨骼融合過早，影響身體發育、長高。

    原因不明的小陰莖也可試用睪酮治療。成年男子不要濫用睪酮，最好請專科醫生制訂治療計劃。

    若是陰莖對雄激素不敏感，則無有效治療方法。只能像國外一些人那樣采用性別改換手術(由男變為女)，但性別的決定一定要在3歲之前解決好，否則到了青春期才改變，病人心理上很難承受。國外曾有人注射硅膠來使陰莖增大，但實際效果很差，一是陰莖只能增粗不能增長；二是龜頭不能增粗；三是硅膠等的局部刺激作用、毒性可能致癌；四是勃起時可能疼痛。因此，有人手術后又要求恢復原狀，這種方法已淘汰。

    至于性發育正常、而陰莖偏小、屬于正常差異的男子，問題是不要背包袱，要增強自信心。因為，從性功能角度講，關鍵是勃起，陰莖再大，但不能勃起豈不是枉然。再從女性來講，因為女性陰道的伸縮能力很強，能適應大、小不同的陰莖。陰道的神經末梢全部集中在外1/3段，該段在平臺期顯著充血并緊縮成高潮平臺，產生對陰莖的"緊握"作用，這對雙方的性刺激都十分重要。而陰道內三分之二，在性反應中充分擴展，并且缺乏足夠的神經未梢。所以，陰莖的大小對于陰道的感覺來說意義不大。目前已發現陰道內最敏感的點位于前壁距外口5厘米處，相當于男子的前列腺部位，人們稱之為"Ｇ點"。刺激該點對于女方獲得高潮快感意義重大，這進一步說明，陰莖勃起后能超過7厘米足矣。因此，這些男子沒有任何必要自卑、苦惱。

    最后要提醒各位注意的是千萬不要自作主張亂服激素類藥物，服法不當還會造成嚴重副作用。如服用烷基化睪酮可有肝臟毒性作用、痤瘡問題、抑制內源性睪酮生成等問題。濫用中成藥一般弊多利少，不會有什么幫助。由于陰莖內沒有肌肉組織，所以采取真空、按摩等機械辦法并不能使陰莖增大，暫時的擴大只是血液充盈稍多，操作不當還會導致皮下出血或海綿體組織的損傷，那就得不償失了。