在臨床中，本病應與單純性口腔潰瘍、瑞特綜合征、強直性脊柱炎、炎癥性腸病等相鑒別。

　　1.單純性復發性口腔潰瘍是—種最常見的具有反復發作特征的口腔粘膜潰瘍性損害。多發生于青壯年。唇、頰、舌尖、舌邊緣等處粘膜好發。最初，口腔粘膜充血(發紅)、水腫(略隆起)，出現小米粒大小的紅點，很快破潰成圓形或橢圓形潰瘍，中央略凹下，表面有灰黃色的苔，周圍有狹窄紅暈。有自發性劇烈燒灼痛，遇刺激疼痛加劇，影響病人說話與進食。一般無明顯全身癥狀。而白塞病是一種全身性疾病，不僅有口腔潰瘍，而且有眼部病變、會陰潰瘍和針刺反應等。

　　2.瑞特綜合征雖可有口腔潰瘍、龜頭炎及結膜炎，易與白塞病相混淆，但前者無針刺反應和靜脈炎。

　　3.強直性脊柱炎的基本病變是附著點炎。常常HLA— B27陽性，嚴重或晚期者出現脊柱強直，脊椎關節呈竹節樣改變，可與白塞病區別。

　　4.克隆病可有口腔潰瘍，主要表現為消化道節段性的潰瘍或增生，腸道內可呈鋪路卵石樣改變;

　　潰瘍性結腸炎表現為下消化道的潰瘍，主要為乙狀結腸的病變，可以由下向上發展至回腸，有人稱之為“倒灌性回腸炎”。炎癥性腸病的病人多有較嚴重的腹瀉，大便為膿血樣。而且X線或纖維結腸鏡檢查可以輔助診斷，并與白塞病鑒別。

　　5.系統性紅斑狼瘡 可有眼部病變、口腔潰瘍及神經、心血管系統病變，但其病情進行性加重，并不呈周期發作性，而且LE細胞、抗核抗體陽性，這些異常發現決不見于白塞病。

　　6.韋格內肉芽腫雖有眼部病變及多系統損傷，但其病情進行性惡化，肺部X線檢查可見有變化多端的浸潤影，有時可有空洞形成，組織病理特征為肉芽腫性血管炎，而且腎功能損害嚴重，無陰部潰瘍，針刺試驗陰性，很易與白塞病相鑒別。

　　7.結核性關節炎 有時伴有結節性紅斑，但無眼部損害及陰部潰瘍，一般也無心血管及神經系統損害，抗結核治療有效。雖然結核菌感染可引起白塞病，對抗癆治療有效，但結核桿菌引起的白塞病不僅有結節性紅斑和關節炎，而且還有血管系統、神經系統及黏膜改變，二者鑒別并不困難。

　　8.多發性大動脈炎當白塞病以血管病變為主要臨床表現時，應與多發性大動脈炎相區別。后者主要表現為上肢或下肢無脈癥，無口腔、陰部潰瘍，組織病理改變為巨細胞動脈炎，無靜脈改變，針刺反應陰性，很少有皮損。